En quatre années passées à protéger la Terre de toutes sortes d'invasion extraterrestre, l'agent J, qui travaille secrètement au quartier général des 'Men in black', n'a toujours pas trouvé de partenaire avec qui faire équipe. A la suite d'un crime étrange impliquant des extraterrestres, l'agence découvre l'existence d'un redoutable complot menaçant notre planète. Serleena, une maléfique séductrice qui a pris l'apparence d'un 'top-model' en lingerie fine, est prête à tout pour accomplir son sinistre dessein. J a absolument besoin des services de K, son ancien partenaire qui n'a plus aucun souvenir des 'MIB' et travaille dorénavant à la Poste. J va devoir par tous les moyens le faire sortir de sa retraite.