Il s'agit de l'histoire de Belldandy, une déesse de première classe restée sur Terre à la suite du souhait d'un garçon, Keichi Morisato (qui depuis est devenu son petit copain). Elle rencontre son instructeur, qu'elle a perdu de vue depuis bien longtemps.
À la suite de cette entrevue, elle perd presque instantanément une partie de la mémoire concernant sa propre identité et celle de son petit copain. On se rend compte qu'à la suite de cette entrevue, un virus s'est en fait infiltré dans le système de commandes des dieux… Il s'en suit une série de péripéties pour sauver Belldandy et Keichi.