Après le Second Impact, la Terre est dévastée mais l'humanité a réussi à survivre. Cependant une nouvelle menace est proche, l'attaque des Anges va commencer et si ils arrivent à être en contact avec Adam (le premier Ange, celui qui a déclenché le Second Impact), alors se produira le Troisième Impact qui aura pour effet la destruction complète de l'humanité.

Pour éviter cela, les hommes se sont dotés de l'arme ultime : les Evangelion qui, avec à leur bord de jeunes adolescents, vont combattre les Anges et ainsi sauver l'humanité.